Uma reclamação disciplinar contra Marcelo Bretas tramita no Conselho Nacional de Justiça e tem a data de 14 de fevereiro de 2023 programada para que o CNJ delibere sobre a instauração formal de um PAD- Procedimento Administrativo Disciplinar- contra o Juiz da 7ª Vara Federal Criminal do Rio de Janeiro. Bretas é o magistrado responsável pelo braço fluminense da Operação Lava Jato. 

Até então o CNJ negou dois pedidos de suspensão imediata de Bretas, realizadas pelo autor da representação contra o magistrado, o advogado José Antonio Fichtner. Contra Bretas há também uma representação do prefeito do Rio, Eduardo Paes. Paes alega que sofreu arbitrariedades por parte do juiz. 

Contra Bretas, as representações firmar que o juiz teria perseguido alvos pré-determinados nas investigações da Lava Jato, objetivando o fechamento de acordos de delação premiada, bem como o pagamento de multas para eximir os colaboradores de processos. Há denúncia de que Bretas manteria parceria com um advogado e outras irregularidades.