O Ministério Público Federal moveu ação penal mediante denúncia contra Amarildo Oliveira  (o Pelado), Oseney de Oliveira( o Dos Santos) e Jefferson da Silva Lima (O pelado da Dinha). Os três acusados foram alçados à condição de réus em ação penal mediante prova da existência do crime e indícios suficientes de autoria, pelo duplo homicídio de Bruno e Dom, mortos ao amanhecer do dia 05 de junho, mas os corpos somente foram encontrados dez dias depois, em uma das margens do Rio Itaquaí, nas proximidades da comunidade onde morava dois dos três acusados. O motivo do crime: Bruno teria pedido para Dom fotografar o barco dos acusados, em circunstâncias que demonstrava a pesca ilegal, especialmente do pirarucu. Bruno nunca teria aceitado que as terras indígenas houvessem sido alvo de invasão e pretendia coletar provas. 

A denúncia narra um homicídio qualificado pelo motivo fútil em concurso de pessoas. Bruno, ao pedir para Dom fotografar o barco dos acusados despertou nos mesmos uma repulsa gerada por motivo fútil: não admitirem ser fotografados. O motivo fútil  qualifica a reprovação penal do fato. Lado outro, Bruno foi morto com três tiros, sendo um pelas costas, sem que se lhe proporcionasse a chance de defesa, com o acúmulo de qualificadoras. Narra-se, ainda, a ocultação dos cadáveres. 

Dom Philips teria sido morto apenas por estar com Bruno, para assegurar a impunidade do homicídio do indigenista. Embora a ação penal seja sequenciada entre os três acusados, há possibilidade de se aditar a denúncia, face ao resultado de investigações que ainda prosseguem contra um possível quarto envolvido: Colômbia, que poderia ter sido o mandante do crime. 

Rubens Villar Coelho, esse é o verdadeiro nome  de Colômbia, que sustenta ter tido apenas uma “relação comercial” com pescadores da região do Vale do Javari, onde as vítimas foram mortas. As investigações prosseguem para elucidar seu envolvimento na tragédia orquestrada e já narrada na ação penal. Objetiva-se verificar, também, na linha investigativa, uma possível atuação do crime voltada para o narcotráfico. Á depender da conclusão dos trabalhos investigativos, nova ação penal ou aditamento à denúncia  já lançada poderá dar novo impulso aos trabalhos processuais.