A Procuradoria-Geral da República, de Augusto Aras, tem sob sua alçada investigações que envolvem a apuração de responsabilidade de atos que são imputados ao Presidente da República, e são processos variados, à exemplo de inquéritos relacionados ao relatório final da CPI da Covid. A CPI da Covid, após a conclusão de seus trabalhos, deu azo a que investigações preliminares pudessem ser instauradas para apuração da responsabilidade de Bolsonaro e de seus auxiliares. Parte desses procedimentos moveram pedidos de arquivamento,  pela PGR ao STF. A Ministra Rosa Weber, do STF, não concordou com essa iniciativa em três inquéritos que foram assinados por Lindôra Araújo. Para senadores que integraram a CPI do Senado esses pedidos de arquivamento foram além de fundamentos do próprio exercício de direito de defesa dos pretensos investigados. 

Por meio da advocacia do Senado, a cúpula da CPI da Covid rebateu os pedidos da PGR e afirmou que Lindôra chega a ‘minimizar’ as imputações feitas aos implicados no relatório da comissão “até mais do que as próprias defesas dos investigados”. Os senadores solicitaram que as investigações fossem encaminhadas à Polícia Federal. 

No seu despacho, a Ministro Rosa Weber, acolheu o pedido da CPI e enfatizou que, mesmo tendo o poder de definir os rumos das investigações, elas devem ser feitas em ‘cooperação’, entre a autoridade policial e outros órgãos estatais excepcionalmente incumbidos do ofício investigativo para maior eficiência da atividade persecutória do Estado. 

Outros pedidos de arquivamento foram feitos pela Procuradoria Geral da República e se intensificaram, a partir do término do mandato de Jair Bolsonaro na Presidência da República. Um dos inquéritos em que a PGR pediu ao Supremo o arquivamento de investigações foi sobre a suposta interferência política do governo na Polícia Federal, aberta com base na denúncia do agora senador eleito Sérgio Moro.