A discórdia entre o presidente do TSE, Alexandre de Moraes, e o governo federal teve mais um episódio, nesta terça feira, dia 18 de outubro, com a determinação, que teria partido de Moraes, para que o Ministério da Defesa venha a explicar, no prazo de 48 horas, a utilização de uma eventual auditoria realizada pelas Forças Armadas nas urnas eletrônicas, no primeiro turno da eleição. Antecede a esse fato outro de grande repercussão, a de que um relatório teria sido apresentado a Jair Bolsonaro onde se firmava a inexistência de irregularidades na votação. O Presidente teria vetado a divulgação desse relatório. 

As Forças Armadas sustentam que atuaram apenas como entidades fiscalizadoras da eleição. Integrantes da cúpula do Ministério da Defesa alegam que as Forças Armadas não conduziram uma auditoria das urnas eletrônicas, mas sim uma fiscalização do sistema eletrônico de votação.

Há informações de que essa seja a linha de resposta a ser levada ao Presidente do Tribunal Superior Eleitoral, Alexandre de Moraes, ante requisição de informações relacionadas ao Trabalho inédito realizado pelos militares nessas eleições. Essa decisão de Moraes atende a uma representação que foi efetuada pela Rede Sustentabilidade. A rede apoia o candidato à presidência Luiz Inácio Lula da Silva. 

Na disputa em busca destes esclarecimentos também teria se inserido o Tribunal de 
Contas da União, que também aguarda o envio por parte do Ministério da Defesa, ante cobrança efetuada de “cópia do relatório de auditoria ou de documento correlato que revele o resultado da fiscalização” dita levada à cabo pela Defesa.